质量体系认证的对象是质量体系，即质量保证能力。它依据的是等同于ISO9000族系列标准的有关国家标准(如GB/T9001、GB/T9002、GB/T9003)。它的作用是能够提高顾客对供方的信任，增加订货，减少顾客对供方的检查评定，有利于顾客选择合格的供方。质量体系认证是自愿的，企业通过体系认证获得的体系认证证书不能用在所生产的产品上，但可以用于正确的宣传，它是ISO向各国推荐的一种认证制度之一。产品质量认证是对产品做型式试验，又对与产品有关的供方的质量体系进行评定，评定内容包括供方的质量体系对其生产、设备、材料采购、检验方法等能否进行恰当的控制，能否使产品始终符合技术规范。产品质量认证通过后不仅颁发认证证书，而且还允许在产品上使用认证标志。
质量体系认证与产品质量认证主要的区别是认证的对象不同。产品质量认证的对象是特定产品，而质量体系认证的对象是供方组织的质量体系。由于认证对象的不同，引起了获准认证条件、证明方式、证明的使用等一系列不同。但它们也有共同点，就是都要求对供方组织的质量体系进行体系审核。
在了解质量体系认证与产品质量认证的区别与作用后，企业选择以哪种方式进行认证就很容易了。大致可分为以下几个需要考虑的因素：企业的产品品种有多少，产品是否执行国家规定的强制性标准，用户的性质属于哪一类，用户对质量认证形式的具体要求等。因此，对于生产的产品是单一品种，或执行强制性标准的产品，或成批大量生产的产品，或产品的用户较分散，或需方指定要求供方获得产品质量认证证书的企业，都应该考虑进行产品质量认证。对于多品种、小批量，或没有性产品标准可作为产品认证的依据，或需方指定要求供方获得质量体系认证证书的企业，应该考虑进行质量体系认证。
质量体系认证有覆盖面广的优点，但对外影响不如产品质量认证。产品质量认证可以将标志直接制作在产品的包装上，具有影响面大的优点。但它的局限性也很大，只能在某一特定的产品上使用。两者各有利弊。企业在选择用哪种方式认证时，要根据自身的情况和客户的要求，慎重选择，不要认为质量体系认证范围大、水平高、信誉好，而产品质量认证水平低。更不能盲目听信某些违法认证机构的误导，对此，企业一定要有清醒的意识。