医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
中国医学科学院阜外医院（以下简称阜外医院），是三级甲等心血管病专科医院，目前正朝向综合型医院转型发展。阜外医院是国家心血管病中心所在地，是心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心建设承担单位，是获得全国首批“辅导类”国家医学中心和全国国家医学中心实质落地项目建设单位，以诊治各种复杂、疑难和重症心血管疾病而享誉国内外，已成为世界上的心血管疾病诊治中心和集医疗、科研、预防和人才培养于一体的医学研究与教育中心。
“三高共管”试点建设项目自2020年12月启动，先后在天津、河北、辽宁、河南等14个地区开展试点工作。截至2023年，该项目已在12省市启动14个试点，管理近2万例 “三高”患者。“三高共管”项目的试点地区平均血压规范测量率达46%、血压控制率达58%。
“中国居民心血管病危险因素及发病监测项目”于2020年10月启动，目前该项目已建成我国规模的集危险因素与发病一体的监测网络。截至2023年底，危险因素检测范围已覆盖31个省262个区县,调查30万人;事件监测范围已覆盖400多个县区网点，收集病例742万例；并撰写了《中国居民心血管病及其危险因素监测报告2022》和《心血管病发病事件监测报告2022》。