北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科；3个教育部重点实验室：辅助生殖、分子心血管学（参与）和视觉损伤与修复（参与）；1个国家卫生健康委重点实验室：心血管分子生物学与调节肽；8个北京市重点实验室：磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。
北医三院以强烈的社会责任感积极投身公立医院改革。近年来不断提高管理水平，参与多个重大项目和课题的研究，取得成果被政府相关管理部门所采纳。在临床路径、优质服务护理工程、对口支援、医联体建设、援藏援疆支边等方面发挥了医院的作用。同时，医院还承担着国家重大活动的医疗保障工作，承担着重大突发事件的医疗救援任务。近年来，出色完成了北京奥运会、建国六十典、抗震救灾、健康快车、埃博拉出血热病人救援、非洲“光明行”、历次全国“两会”等各项医疗保障任务。
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普通胃镜检查，医生多以右手持镜前端，将胃镜慢慢放入口腔至舌根部，这时多有恶心感。当恶心明显时，或行吞咽动作时，食管上口随之呈开放状、医生会在开放的瞬间顺着开口将胃镜插进食道。有的人配合欠佳时，医生常嘱做吞咽动作就是这个道理。