北京空 军总医院主要承担空 军飞行人员航空病、常见病诊疗防治研究及医学鉴定任务；承担预备航天员的体检选拔任务；承担空 军部队及联勤部队官兵的健康保障和疾病救治；还面向人民群众提供优质医疗服务。已发展成为一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
北京空 军总医院专业人才璀璨，现拥有全军科技领军人才培养对象1人，空 军首席专家1人，空 军级专家13人，高层次科技人才75人；18人享受政府特殊津贴。副主任医师以上专业技术人员近300人，博士、硕士研究生学历近400人。医院是空 军军医大学、安徽医科大学等10余所高等院校的临床教学医院；医院11个专业获批为住院医师规范化培训基地；拥有博士、硕士研究生导师120多名；博士、硕士联合授权点34个；在站博士后10余名，在院研究生、实习生、进修生及住院医师600余名，已成为军队医学人才的重要基地。
北京空 军总医院积极追踪医学前沿，开展了肝、肾移植，胰肾联合移植，眼角膜移植等多器官移植应用研究；半相合骨髓移植、干细胞移植临床研究；三维适形定向放射治 疗肿瘤应用研究；纤维内窥镜技术应用研究；各种激光治 疗技术应用研究；飞行员飞行心理指导干预；以及腹腔镜、关节镜等各类介入微创技术等。
北京空 军总医院皮肤科组建于1980年，于2013年扩建为皮肤病医院。现为国家中医药管理局中西医结合皮肤病重点学科、全军皮肤病研究所、国家卫生部药品临床研究基地、国家FDA行政许可检验机构、首都皮肤科疑难病诊疗中心、中国医师协会激光美容培训基地、北京市皮肤科医师培训基地、全军皮肤病专业委员会和全军中医药学会皮肤病专业委员会主任委员单位。