北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(胃癌防治中心、乳腺癌防治中心、影像介入中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室2个，是消化系肿瘤整合防治全国重点实验室，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室、国家药监局重点实验室所在单位、抗肿瘤新药及新技术研发北京市工程研究中心、北京市国际科技合作基地、北京市首批示范性研究型病房、科技部抗肿瘤新药疗效与性评价信息化平台的建设单位。被国家卫健委授予首批肿瘤多学科诊疗试点医院、国家首批肿瘤高通量基因测序临床试点单位;是承担北京地区癌症发病登记与生存统计，并向政府及WHO提供数据的中心。是北京协会、北京癌症康复会的挂靠和依托单位。
北京大学肿瘤医院是全国肿瘤学博士学位授权点和博士后流动站。医学教育涵盖本科生、硕士生、博士生、博士后以及进修生、职工的继续教育。每年定期举办全国临床肿瘤医师进修班和国家继续教育项目全国性学习班。
北京大学肿瘤医院与许多国际知名肿瘤研究机构建立了密切的合作关系，每年不断有国内外专家学者来院参观、考察、讲学，进行科研协作与学术交流。医院也不断有科研、临床、医技专业人员出国访问、进修、短期工作或参加国际学术会议。