资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
保证金的比例和返还时间不同。履约保证金的比例为工程造价的5%-10%，具体执行比例由发包人根据工程造价情况确定，承包人顺利履行完毕自己的合同义务，发包人必须全额返还保证金。质量保证金比例可参照政府投资的建设项目的要求按工程造价5%左右预留保证金，具体比例双方可协商，在工程竣工验收交付使用后开始计算缺陷责任期，责任期内承包人须认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
借款保函是银行应借款人要求向贷款方开立的保证借款人到期归还贷款本息，否则由保证人进行赔付的书面担保文件。借款保函的担保金额一般为贷款总额及其利息之和，保函自开立之日起生效，至借款人偿清全部本利总和之日失效。保函的担保责任随借款人的偿还而自动递减。
银行保函（Bank guarantee）又称“银行保证书”、“银行信用保证书”，简称“保证书”，银行作为保证人向受益人开立的保证文件。银行保证被保证人未向受益人尽到某项义务时，则由银行承担保函中所规定的付款责任。保函内容根据具体交易的不同而多种多样，在形式上无一定的格式，对有关方面的权利和义务的规定、处理手续等未形成一定的惯例。遇有不同的解释时，只能就其文件本身内容所述来作具体解释。