把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
见索即付保函主要适用于国际融资、国际商务的担保等业务，与其它国内商务或融资时的担保有不同法律特征。根据中国担保法和担保法司法解释的规定，物的担保是由债务人本身提供的，物的担保优于人的担保；物的担保是由第三人提供时，债权人可以随意选择某一担保人承担责任。保证人在承担保证责任后，享有对担保物的代位求偿权。而在见索即付保函下，付款责任顺序通常在保函中事先规定，一般开立见索即付保函的银行承担付款人责任，并享有对抵押物代位求偿权，这一点，不同于一般的保证合同。
已履行基础合同义务
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，由委托人提供证据证明自己已履行基础合同义务，或受益人没有履行基础合同义务。在这种情况下，由委托人承担举证责任，如果委托人不能证明，则承担举证不能的不利后果，推定受益人的索赔成立，银行承担担保责任。
投标保函：保证人在投标人投标之前，向招标人出具投标保函，保证投标人按照招标文件的规定参加招标活动，并在中标后及时与招标人签订相关工程合同，同时提供招标人所要求的履约、预付款等保函。如果投标人违约，则保证人将在保函金额内赔付招标人的损失。