控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
声学除垢法：声学除垢技术是在太阳能热水系统的设备内部激发和维持声频震荡，同时将声波传递给水介质进行除垢。超声波（1200～2500HZ）能使管道及设备的旧积垢逐渐剥落，并使硬度盐在水中结晶、并生成无粘性的粉末沉淀。
只有正确的了解到太阳能热水器的清洗方法，我们才能够对太阳能热水器做一个正确的掌握。定期对太阳能热水器进行清洗的话，是可以减少太阳能热水器清洗的困难度的，也可以更好的保证太阳能热水器的清洗效果以及太阳能热水器的使用效果。
长时间以来，我们忽略了对太阳能的清洗，由于水质要素，致使许多的水垢和水锈堆积其间。大大降低了太阳能的功率和热效率，浪费能量达1/3以上，由于长时间积存水垢，不只浪费动力，而且还构成不风险，水垢致使受热不均构成炸管，堵塞管道，水循环减速，水温降低。具科学研究证明，水垢主要成分为钙，镁化合物，其他还富含多种有害的汞，镉，铅，砷等有害人体的元素。