保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
投标人由于需要到处参加投标，保证金交纳笔数多了以后，累计数额也是不小的。或多或少影响了投标人的现金流，一方面造成这些资金的无效沉淀，一方面在投标人资金紧张后又加大了它外部融资的成本，间接提高企业的生产成本，招标人的采购价格。
保证金除非被恶意提取，否则不存在被挪用的情况，而提取手续相对正规，提取行为一定也会告知投标人，如果该项目不存在扣保证金的理由，投标人可以及时申诉，避免挪用造成的财产损失。
适用范围：适用于所有公开招标、议标时，业主要求投标人缴纳投标保证金的情况。招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。