通常将其设计为三格化粪池。新鲜的粪便通过厕所管道进入一个水箱。粪便中的沼气开始发酵和分解。由于比重不同，粪便可分为三层。或颗粒肥料。中间层是相对清晰的肥料。上层和下层包含多的和寄生虫卵。中间层包含少数量的卵。初步发酵的中间层液体通过化粪池流向第二个。在第二个单元中，第二个单元在酶分解和沉淀后溢流到第三个单元，第三个单元经过沉淀和过滤，流到下水道。
化粪池清洗程序：用钩子打开化粪池的盖子15分钟，将吸管车运到工作现场，将吸管插入化粪池，然后用铁锹搅拌化粪池中的化粪池层。开启化粪池以吸出粪便，直到化粪池中的团块被吸起，盖上化粪池盖并用水冲洗工作现场。
化粪池的停留时间是关系污水处理效果和化粪池容积与造价的重要指标。停留时间过短， 则污水处理效果差；停留时间过长，又增加化粪池容积与造价，且布置困难。停留时间的取定，应兼顾污水处理效果与建设造价两方面因素因考虑到发酵产生气泡对沉淀要求的层流状态的影响，化粪池流线转折多对沉淀的不利影响，生活污水排放的瞬时变化大对进水流量均匀的影响，化粪池的停留时间应留有余地。《规范》要求：停留时间取12～24小时。实践证明：停留时间不宜少于12小时，以保证污水处理效果。
三格化粪池由相联的三个池子组成，中间由过粪管联通，主要是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，粪便在池内经过30天以上的发酵分解，中层粪液依次由1池流至3池，以达到沉淀或杀灭粪便中寄生虫卵和肠道致病菌的目的，第3池粪液成为优质化肥。